Des extraterrestres à bord d’une soucoupe volante atterrissent en pleine nuit dans une forêt aux environs de Los Angeles, pour une mission d’exploration botanique. Mais, des hommes finissent par repérer les intrus et le vaisseau s’envole précipitamment, laissant sur Terre l’un d’entre eux. À la recherche d’un refuge pour échapper à ses poursuivants, la créature se dirige alors vers le jardin d’un pavillon de banlieue où vivent une mère seule et ses trois enfants. Il est très vite découvert par l’un d’entre eux, Elliot, un jeune garçon de 10 ans. Aidé par son grand frère et sa petite sœur, il va accueillir l’extraterrestre dans sa chambre et tout faire pour garder secrète la présence de ce nouvel ami qu’il nommera E.T.
Malgré le lien très fort qui unit Elliot et l’extraterrestre, ce dernier va peu à peu exprimer son désir de retrouver les siens. Alors que Elliot aide E.T à fabriquer un moyen de communiquer avec ses congénères, la santé de l’extraterrestre décline subitement et entraîne avec lui le jeune garçon vers la mort. Au même moment, l’armée découvre la présence de l’extraterrestre et investit les lieux. La maison familiale est envahie par des hommes en uniforme tandis que les pièces sont transformées en hôpital. Aidé par son grand-frère et ses amis, Elliot parvient finalement à exfiltrer E.T pour rejoindre la forêt où la soucoupe volante est revenue pour récupérer l’extraterrestre.